Nadace Český literární fond vznikla na základě zákona, který upravil existenci bývalých kulturních fondů, a poprvé byla registrována v roce 1994. Jako taková začala působit přeměnou bývalého Českého literárního fondu, organizace podřízené ministerstvu kultury. Ani ta však nebyla státní organizací v pravém slova smyslu, ale institucí hospodařící s prostředky z odvodů dvou procent všech autorských honorářů, poplatků za užití děl a za volná díla, které soustřeďovalo ministerstvo kultury a přerozdělovalo třem kulturním fondům. Literárnímu, hudebnímu a výtvarnému. V podstatě šlo tedy vždy o finanční prostředky získávané podílem z výnosů z umělecké činnosti. Z toho se také odvíjí trvalý závazek Nadace ČLF dostát v podpoře všem oborům literární a další umělecké tvorby, ale i publicistiky a vědy, které se v těchto letech na tvorbě takto získávaných prostředků kultury podílely.
K přeměně na soukromoprávní instituci podle podmínek zákona č. 318/93 Sb. o transformaci kulturních fondů došlo na podzim roku 1994: nová nadace byla založena podle ustanovení občanského zákoníku a registrována Obvodním úřadem pro Prahu 2 pod číslem registrace 164/94. Prvním statutárním orgánem nové nadace se stala nadační rada ve složení: prof. Zdenek Sirový, předseda (filmař a pedagog), Rudolf Zeman (novinář), Ivan Vyskočil (herec) místopředsedové, Eva Kantůrková (spisovatelka), Helena Franková (překladatelka), Miroslav Melena (divadelník), PhDr. Svetozár Pantůček, CSc.(vědec), Ing. Viktor Vlášek,CSc. (ekonom), PhDr. Ivo Železný (nakladatel). V dozorčí radě dohlíželi Jiří Novotný (divadelník), PhDr. Marie Langerová (editorka a kritička), Zdeněk Kotrlý (nakladatel).
Nelze však opomenout zásluhy předcházejícího Výboru literárního fondu, který celou transformaci připravoval a zásadně se zasloužil o přeměnu instituce podřízené ministerstvu na zcela samostatný a nezávislý soukromoprávní subjekt. Zásluhy patří ocenit především u členů, kteří nastoupili hned po změnách roku 1989 a vytrvali až do zmiňované transformace: spisovatelka Hana Bělohradská, předsedkyně výboru, spisovatelé František Pavlíček, František Nepil, Roman Ráž, básník Pavel Šrut, kritik Jan Lopatka, překladatel Jiří Honzík.
Na nový právní subjekt přešel majetek bývalého fondu a nadace na sebe převzala i z toho plynoucí práva, povinnosti a závazky. Zároveň však byla změnou daňových zákonů zkrácena o dosavadní příjmy zprostředkovávané do té doby ministerstvem kultury, které několikanásobně převyšovaly realitu příjmů dalších let.
Rok 1994 byl předělem nejen v novém postavení, ale i změnou sídla. Nadace tehdy zakoupila vlastní dům v ulici Pod Nuselskými schody 3 v Praze 2 na Vinohradech. Dům se stal hospodárnějším působištěm, ale posléze i potřebným zdrojem finančních příjmů pro činnost nadace. Navíc poskytl prostor i spřízněným sdružením FITES a Obci překladatelů.
Značné změny doznala struktura i rozsah drženého majetku. Nadace byla nucena postupně opustit spravované mimopražské nemovitosti, převážně navrácené původním majitelům. Získané prostředky z části prodaného movitého majetku jednorázově zvýšily příjem nadace. Od té doby jsou však již hlavními zdroji příjmů téměř výhradně výnosy z dlouhodobých termínovaných vkladů a později z finančního investování do podílových fondů, které jsou z povolených možností správy nadačních financí o něco málo výnosnější.
Statut a postavení současné Nadace ČLF byly znovu upraveny zákonem č. 227/97 Sb. o nadacích a nadačních fondech, podle kterého je Nadace ČLF registrována od roku 1999 nadačním rejstříkem Městského soudu v Praze, Oddíl N, Vložka 94.
Zdroje příjmů pro nadační činnost představují téměř výhradně výnosy z vkladů a z finančního investování do podílových fondů v mezích zákonem povolených možností a výnos z domu svého sídla. Činnost nadace řídí devítičlenná správní rada s tříletým funkčním obdobím, kontrolním orgánem je tříčlenná dozorčí rada. Administrativu nadace a praktickou činnost řídí ředitel s pěti zaměstnanci. Hospodaření nadace podléhá ověření roční účetní závěrky nezávislým auditem.
Nadace uspěla ve výběrovém řízení rozdělovaných prostředků z Nadačního investičního fondu (NIF). Od roku 1999 postupně získala z NIF do správy cca 65 mil. Kč. Podle smluvních podmínek zvláštního režimu jejich užívání jsou registrovány v nadačním jmění. Jejich roční výnos je pak každoročně rozdělován třetím osobám na základě výběrového řízení vyhlášeného nadačního programu podle přijatých pravidel správy prostředků z NIF. Zákon o nadacích všeobecně omezil možnosti volného využívání majetku nadací, přesto se podařilo Nadaci ČLF za dobu její existence zajišťovat relativní vyrovnanost příjmů a výdajů a díky příjmu prostředků z NIF zachovat i značně rozsáhlý nadační program. Poskytovala několik stovek grantů a stipendií o celkovém objemu 5 – 7 mil. Kč ročně. Poslední tři roky pro silný pokles výnosu finančních vkladů Nadace došlo ke snížení objemu vyplacených nadačních příspěvků na cca 3 mil. Kč ročně.
Správní rada ke svému rozhodování zřizuje poradní orgány - expertní skupiny a poroty, ve kterých pracují význační a erudovaní autoři, umělci, vědci a odborníci z oblastí tvorby podporovaných nadací. Jsou zárukou znalosti situace i objektivity při posuzování podaných žádostí. Nadační systém rozlišuje několik základních oblastí, které pak zahrnují dílčí obory. Je to literární tvorba zahrnující původní literaturu, překladovou literaturu, vědeckou a odbornou literaturu, dramatická tvorba zahrnující divadlo a rozhlas, film a televizi, výkonné umělce a performing art, publicistiku zahrnující kulturní periodika, vědecká a odborná periodika, literární publicistika v médiích.
Nadační program vyhlašuje správní rada vždy začátkem kalendářního roku vypsáním výběrového řízení, s tím, že pro ten který rok jsou zvolena preferenční témata pro konkrétně vypisované granty a stipendia.
Veřejnost je o nadačním programu podrobně informována na webových stránkách nadace a o vyhlášení výběrového řízení i zprávou v nejčtenějších periodicích. Podané žádosti hodnotí individuálně členové expertních skupin, kteří vytvářejí pro správní radu doporučení pro konečné rozhodnutí o poskytnutí nadačního příspěvku. Přiznaný nadační příspěvek je v případě grantů a stipendií stvrzen smlouvou s příjemcem, která jej zavazuje k využití příspěvku pro stanovený účel i určený termín. Poskytnuté nadační příspěvky podléhají vyúčtování.
Nadace ČLF uděluje Výroční ceny v šesti vyhlašovaných oborech za tvorbu minulého roku.
V Nadaci působí i Fond Boženy Němcové pro pomoc spisovatelům a překladatelům v nouzi
Bez spolupráce téměř sedmdesáti obětavých příznivců v poradních orgánech by Nadace svoje poslání a cíle nadačního programu nemohla naplnit, a je jim proto po zásluze vděčná.
Navzdory všem snahám o úspornost provozu Nadace je a bude stále náročnější udržet dosavadní výši rozdělovaných nadačních příspěvků. Klesající výnosy finančních vkladů a další vnější nepříznivé ekonomické vlivy omezují dosavadní schopnost Nadace ČLF zajistit praktikovaný rozsah nadačního programu výhradně z vlastních prostředků.
Nadace Český literární fond se proto snaží vyhledávat pro svoji nadační činnost i pomocnou ruku sponzorů a dárců. Její orientace bohužel nepatří mezi mediálně nejpřitažlivější, a tak zatím významného úspěchu v tomto směru nedosáhla. Přesto věří, že její znalost problematiky i tradice efektivního rozdělování nadačních prostředků najdou v budoucnu odezvu u prosperujících společností, a nadace pak společně s nimi bude moci pomáhat jako dosud rozvoji kulturních hodnot v neztenčeném rozsahu.